Jemaat GPM Negeri Lama merupakan salah satu jemaat yang sudah terbentuk pada pertengahan abad ke-19. Sejak kehadirannya, yang ditandai dengan pembangunan sebuah gereja yang bernama gereja Pertolongan pada tahun 1850. Jemaat ini terletak dalam wilayah petuanan desa Passo, sehingga menjadi bagian dari jemaat dan desa Passo. Kendati demikian, jemaat ini dan jemaat-jemaan lainnya termasuk Passo, untuk waktu yang sangat lama tidak dilayani oleh tenaga pendeta yang menetap dan bertugas di jemaat ini. Sejak tahun 1871 jemaat ini dan jemaat Passo serta beberapa jemaat lain seperti Rutong dan Leahary dilayani oleh pendeta bantu yang bertugas di jemaat Hutumury. Hal itu berlangsung sampai permulaan abad ke-20.
Sejak tahun 1915, barulah secara reguler para pendeta mulai ditempakan di jemaat ini. Dimulai oleh pendeta David Pattinama, disusul pendeta Hallatu 1928, pendeta S. Matulapelwa 1931 dan sejumlah pendeta yang secara reguler melayani jemaat Negeri Lama. Pada tahun 1929, dibawah pimpinan pendeta Hallatu jemaat ini mulai mengusahakan pembangunan sebuah gedung gereja baru dan diselesaikan dan diresmikan pada tahun 1939 dibawah pendeta Lisapally. Tiga tahun kemudian masuk tentara pendudukan Jepang yang menggunakan gereja ini sebagai gudang.
Pasca pendudukan Jepang, situasi bangsa dan negara Indonesia masih menghadapi berbagai aksi di dan gerakan separatis yang turut menghambat pertumbuhan dan perkembangan jemaat. Sampai tahun 1960 ketika Sidang Sinode GPM mencetuskan Pesan Tobat, barulah jemaat-jemaat di lingkungan GPM memasuki era baru dalam berteologi yakni adanya kesadaran untuk taat secara mutlak dibawah tuntunan kuasa Allah dalam Roh Kudus. Dari sinilah jemaat-jemaat mulai menata pelayanannya dan secara perlahan tapi pasti berkembang di bidang teologi.
Begitu pula jemaat Negeri Lama. Jemaat ini mengalami momentum penting sejak dibangunnya Perumahan BTN Passo Indah dimana jumlah anggota jemaatnya meningkat pesat. Sejak itulah jemaat ini berkembang dengan cukup signifikan, baik dari sisi SDM maupun ekonominya. Hingga saat ini, jemaat Negeri Lama merupakan salah satu jemaat di Klasis Ambon Utara, yang cukup potensial, setelah jemaat Poka, Rumahtiga dan Wayame.