Buku ini disajikan dalam lima bagian. Pada bagian pertama membahas Lembaga Wali Nanggroe dalam konteks aktualisasi keistimewaan Aceh, di mana otonomi khusus Aceh yang berisi latar belakang dan urgensi penulisan buku, hingga diskursus dan platform kajian.
Bagian kedua, menjelaskan jejak sosio-historis peradaban Aceh kemudian memahami Aceh dalam pertautan adat dan tradisi Islam dan korelasi antara sebuah konfigurasi politik terhadap produk hukum Lembaga Wali Nanggroe.
Bagian ketiga merupakan episode konfrontasi Aceh dan Indonesia yang menceritakan dinamika pemberontakan DI/TII Aceh dan relasinya terhadap pendirian GAM. Selain itu ditemukan benang merahnya terhadap eksistensi Wali Nanggroe itu sendiri.
Bagian keempat membahas identitas dan entitas politik Lembaga Wali Nanggroe. Pada bagian ini lebih mencoba untuk menggambarkan posisi Wali Nanggroe dan tata kelola kelembagaan Wali Nanggroe. kemudian menggambarkan keberadaan Lembaga Wali Nanggroe dalam konteks NKRI. Selanjutnya membahas tentang implikasi keberadaan Lembaga Wali Nanggroe terhadap sistem pemerintahan Aceh.
Bagian kelima berisi bahasan penulis berupa model tata kelola Lembaga Wali Nanggroe tentang rumusan kajian yang diangkat. Dalam bagian ini juga berisi tentang rekomendasi dan masukan kepada semua pihak, terutama berkaitan tentang perkembangan Lembaga Wali Nanggroe dalam konteks Negara Kesatuan Republik Indonesia. Dalam buku itu juga dikisahkan sekilas perjuangan rakyat Aceh di masa-masa perang, revolusi, konflik dan damai, sebagai salah satu rangkaian kancah perkembangan dan dinamika yang terjadi di Aceh. Namun demikian tidak berarti bahwa buku ini hanya akan menonjolkan suatu rasa kedaerahan yang sempit karena rekaman ini jelas merupakan suatu fenomena sejarah yang saling bertaut dengan eksistensi Lembaga Wali Nanggroe Aceh dan nilai-nilai nasionalisme Aceh yang utuh.