Internalisasi nilai-nilai al-Qur’an dalam manajemen pendidikan karakter dapat membentuk kondisi kejiwaan atau karakter anak menjadi sempurna (al-Insan al-kamil). Penginternalisasian nilai-nilai karakter dalam al-Qur’an adalah dengan mengintegrasikan faktor internal dan faktor eksternal anak dengan menjadikan Islam sebagai inti nilai-nilai etika. Faktor internal meliputi jasmani, ruhani, dan nafsani. Sementara faktor eksternal anak adalah keluarga, sekolah, dan masyarakat (tri sentra pendidikan). Jika faktor-faktor ini terdidik dengan baik, maka kecerdasan Intelektual (IQ), kecerdasan emosional (EQ), kecerdasan spiritual (SQ), akan berkembang secara seimbang.