Buku ini mencerikatan perjalanan hidup santri bernama Hamdan dalam mencari arti dan makna cinta yang dia rasakan dari bangku pelajar terhadap seoarang wanita bernama Salsabila.
Dalam ceritanya Hamdan diceritakan seorang pemuda yang masih belajar tentang cinta, hingga dimana dia berhasil menemukan seseorang yang menjadi cinta pertama dalam hidupnya, walau di awal Hamdan enggan mengungkapkan perasaannya akhirnya atas bantuan dan suport dari sahabat terdekatnya Farhan, dia akhirnya berhasil mengungkapkanya. Namun tidak seperti apa yang dia pikirkan dia akan mendapatkan berbagai masalah, mulai dari pendidikan, persahabatan, keluarga, keuangan, dan tentunya percintaan. Hamdan yang seorang anak polos terus berkembang dengan berbagai pengalaman yang dia berhasil lalui, sehingga dia bisa mengambil intisari dan arti perjalanan hidup yang sebenarnya.
Buku Mega Merah sendiri, menjadi arti dan perjuangan yang ditempuh oleh Hamdan dengan penggambaran dirinya sebagai Mega Merah dan Salsabila sebagai Rembulan, yang menandakan perjuangan tanpa hasil dari Mega Merah demi menemani Rembulan sebelum akhirnya tergantikan oleh Malam.